Собирать webassebmly файл внутри docker-контейнера достаточно удобно, потому что не приходится следить за окружением и что-то постоянно доустанавливать и фиксить. Однако, есть небольшая тонкость при отладке собранных файлов.

Заключается она в том, что пути внутри контейнера и в любой другой среде скорее всего будут отличаться. Поэтому необходимо это учитывать при сборке. Например, есть файл test.c со следующим содержимым.

#include <stdlib.h>
#include <stdio.h>

int main() {
  int i = 0;
  for (int j = 0; j < 10; j++)
  {
	  i++;
  }
  return 0;
}

Собираем код следующей командой

docker run --expose=8080 --rm -v $(pwd):/src -u $(id -u):$(id -g) emscripten/emsdk emcc -g test.c -o test.html -ffile-prefix-map=/src=$(pwd)

Далее необходимо настроить свой браузер (на примере хрома) для отладки. После чего достаточно поднять любой веб-сервер для того, чтобы можно было обратиться к каталогу из браузера. Например, пакет serve из npm. Отладка webassembly кода станет доступна точно также, как и отладка js-кода.